性功能障碍需要与躯体疾病所致性功能障碍、物质或药物因素所致性功能障碍等疾病进行鉴别。

1、躯体疾病所致性功能障碍：应当由妇科医师或泌尿科医师进行医学检查，排除需要治疗的躯体疾病。这些躯体因素可以是生殖器局部病变、管疾病、神经系统疾病、内分泌失调或系统性疾病。如创伤性手术损伤腰交感神经腰交感神经切除术或腹腔腹膜手术及多发性硬化、糖尿病和酒精性神经病变使生殖器相关的神经受损可能会导致射精延迟或不能。内分泌失调导致睾酮水平不足、血管和神经性疾病等均可导致阳痿。尤其具有诊断意义的是夜间阴茎勃起检测(NPT)，具有明确诊断的意义。

2、物质或药物因素所致性功能障碍：许多物质或药物都对性功能有影响。某些抗抑郁药物、抗精神病药物、抗雄性激素药物或长期酗酒可能导致性欲低下、射精延迟或勃起障碍，a-交感神经药物、阿片类物质等可能导致射精延迟。通过搜集用药史及停药后症状的缓解可予鉴别。