沙眼衣原体主要寄生于人类，无动物储存宿主，常见临床疾病包括沙眼、包涵体结膜炎、泌尿生殖道感染等。

1、沙眼：在流行区，主要通过眼-眼或眼-手眼传播。沙眼衣原体感染眼结膜上皮细胞后，在其中繁殖并在细胞浆内形成包涵体，引起局部炎症。

早期症状是流泪、有黏性或脓性分泌物、结膜充血及滤泡增生。晚期出现结膜瘢痕眼睑内翻、倒睫等；也可引起角膜血管翳，导致角膜损害，影响视力或致育。

2、包涵体结膜炎：包括婴儿结膜炎及成人结膜炎两种，前者系婴儿经产道感染，引起急性化脓性结膜炎（包涵体脓漏眼），不侵犯角膜，能自愈。

后者可经两性接触、经手至眼或污染的游泳池水感染，引起滤泡性结膜炎，又称游泳池结膜炎。病变类似沙眼，但不出现角膜血管翳，亦无结膜瘢痕，一般经数周或数月痊愈，无后遗症。

3、泌尿生殖道感染：男性多表现为非淋菌性尿道炎，不经治疗可缓解，但多数会转变成慢性，周期性加重，并可合并附睾炎、前列腺炎、直肠炎等。

女性表现为尿道炎、宫颈炎、输卵管炎与盆腔炎等。若输卵管炎反复发作，可导致不孕或宫外孕等严重并发症。

4、婴幼儿肺炎：生殖生物型D-K血清型均可引起婴幼儿肺炎。

4、性病淋巴肉芽肿：衣原体侵犯男性腹股沟淋巴结，引起化脓性淋巴结炎和慢性淋巴肉芽肿，常形成瘘管；亦可侵犯女性会阴、肛门、直肠，起会阴肛门－直肠组织狭窄。