人感染钩端螺旋体后均引起钩端螺旋体病，病人主要是农民、渔民、屠宰工人以及一些临时进入疫区工作或旅行的人群。

致病性钩端螺旋体能迅速通过破损或完整的皮肤、黏膜侵入人体，并经淋巴系统或直接进入血流引起钩端螺旋体血症。

患者出现中毒性败血症症状和体征，如发热、乏力、头痛、肌痛眼结膜充血浅表淋巴结肿大等。继而钩端螺旋体随血流侵入肝、脾、肾、肺、心、淋巴结和中枢神经系统等，引起相关脏器和组织的损害和体征。

由于感染的钩端螺旋体血清型、毒力和数量不同以及宿主免疫力差异，感染者临床表现差异很大。轻症者似流感，重症者可有明显的肺肝、肾以及中枢神经系统损害，出现肺出血、黄、DIC、休克，甚至死亡。

临床上根据病人受损的主要脏器不同，分为肺出血型流感伤寒型、黄疸出血型、低血压休克型、肾衰竭型等病型。部分病人退热后或恢复期中，可发生眼血管膜炎、视网膜炎、脑膜炎、脑动脉炎等并发症或后发症，其发病机制与超敏反应有关。