病毒经带毒蚊子叮咬进入人体后，先在皮肤毛细血管内皮细胞和局部淋巴结等处增殖，经毛细血管和淋巴管进入血流，引起第一次病毒血症。

病毒随血流播散到肝脾等网状内皮系统的细胞中继续大量增殖后，再次人血，引起第二次病毒血症，临床上表现为发热、头痛、寒战、全身不适等流感样症状。

绝大多数感染者病情不再继续发展，成为顿挫感染。但少数免疫力不强的患者，病毒可突破血脑屏障侵犯中枢神经系统在脑组织神经细胞内增殖，引起神经细胞变性、坏死、脑实质和脑膜炎症，出现中枢神经系统症状，表现为高热、头痛、意识障碍、抽搐和脑膜刺激征等。

严重者可进一步发展为昏迷、中枢性呼吸衰竭或脑疝，病死率可高达10%-30%，约5%-20%的幸存者留下后遗症，表现为痴呆失语、瘫痪及精神障碍等。