肾综合征出血热是一种多宿主性的自然疫源性疾病，其主要宿主动物和传染源均为啮齿动物。在啮齿动物中又主要是鼠科中的姬鼠属、家鼠属和仓鼠科中的林䶄属、白足鼠属等。

一般认为汉坦病毒有较严格的宿主特异性，不同型别的汉坦病毒有着不同的啮齿动物宿主。因此不同型别汉坦病毒的分布主要是由宿主动物的分布不同所决定的。

肾综合征出血热的传播途径尚未完全确定，目前认为可能的途径有3类5种，即动物源性传播（包括通过呼吸道、消化道和伤口途径）、垂直（胎盘）传播和虫媒（螨媒）传播。

其中动物源性传播是主要的传播途径，即携带病毒的动物通过唾液、尿、粪等排出病毒污染环境，人或动物通过呼吸道、消化道摄入或直接接触感染动物受到传染。

感染病毒的孕妇有可能经胎盘将病毒传给胎儿，带毒孕鼠亦可将病毒传给胎鼠。虽然能够从肾综合征出血热患者的血尿中分离到病毒，但尚未见在人-人之间水平传播肾综合征出血热的报道。