泌尿系结核通常开始于肾，即肾结核，是由血源性感染引起，常继发于肺结核，为肺外结核的一种类型。

结核杆菌随血流进入肾脏而形成感染灶，大多数病灶位于肾皮质且多可自愈，若病变进展则侵犯髓质，形成干酪样脓肿，继而破入肾盏，造成感染扩散和肾盏肾盂破坏，并可下行蔓延至输尿管和膀胱，造成输尿管管壁增厚、僵直和管腔狭窄，导致肾盂肾盏积水(脓)扩张。

结核灶内可发生钙盐沉积，甚至全部肾脏广泛钙化，称为肾自截。肾结核早期症状隐匿，累及肾盂和输尿管、膀胱后，可出现尿频尿急脓尿和血尿，晚期可发生明显肾功能受损。

肾结核的临床表现不典型，诊断依据主要依靠实验室血清学、细菌学检查以及影像学检查，后者以尿路造影和CT检查为主。

尿路造影能发现较早期的肾盏改变，CT检查则可发现肾实质干酪样脓肿、病灶内钙化及肾盂肾盏扩张及管壁增厚等征象，有助于肾结核的诊断。