怀孕两个月自然流产的原因较多，常见的比如环境因素、染色体异常、内分泌异常等。

1、环境因素：如果女性在怀孕期间经常接触辐射、重金属污染化妆品或长时间大量吸烟、饮酒，这些有害物质都可能会导致胚胎发育异常，从而出现怀孕两个月自然流产；

2、染色体异常：服用药物、感染、基因等因素可导致胚胎染色体出现明显的异常，如21-三体综合征、13-三体综合征等，可能会造成胚胎质量下降，从而出现畸形、死胎的情况，引发怀孕两个月自然流产；

3、内分泌异常：黄体酮是维持妊娠所必需的激素，如果女性患有甲亢、甲减、糖尿病等内分泌疾病，可能会造成机体的黄体酮功能不足，从而导致早期自然流产。

此外，女性怀孕后精神压力过大、子宫发育异常、外伤等原因也可能导致自然流产。总之，怀孕两个月的女性应注意补充营养，远离放射线、有毒气体、烟酒等，避免造成流产。