子宫内膜异位症伴附件囊肿的处理方法应根据囊肿的直径进行选择，可以采取药物治疗或手术治疗。

1、子宫内膜异位症伴附件囊肿最大直径＜4cm：附件囊肿的影像学检查不能明确囊肿性质，最大直径＜4cm的附件囊肿亦可能为卵巢非赘生性囊肿，如滤泡囊肿或黄体囊肿。若未能排除卵巢非赘生性囊肿时，宜短期随访或可口服短效避孕药。若附件囊肿无变化或增大，则以腹腔镜或开腹手术为宜。

2、子宫内膜异位症伴附件囊肿最大直径≥4cm：手术治疗为主，目的是明确诊断及进行临床分期、清除异位内膜病灶及囊肿、分离粘连及恢复正常解剖结构、治疗不孕、缓解和治疗疼痛。可以选择经腹或腹腔镜途径，腹腔镜为首选，手术方式包括病灶切除、子宫切除术以及子宫及双附件切除等。

参考资料：[1]沈铿，马丁.妇产科学.第3版[M].北京.人民卫生出版社.2015.