腰椎骨折3个月了还有腰疼，可能是因局部血液循环不畅、骨折愈合不良、骨折后遗症、术后软组织损伤、局部感染等因素引起。

1、局部血液循环不畅：患者骨折恢复期，长时间卧床会使腰部血液循环不畅，进而影响到伤口愈合，一般表现为疼痛。

2、骨折愈合不良：可能是因患者腰部骨折部位并未完全恢复引起，也会出现轻微疼痛症状。

3、骨折后遗症：患者腰椎结构不佳，骨折后很难完全恢复，可能会使周围组织、神经受压引起组织粘连，患者会出现疼痛、肿胀等症状。

4、术后软组织损伤：还可能会伴有周围软组织损伤，由于软组织处于充血、水肿的状态，出现疼痛、肿胀等症状。

5、局部感染：可能因患者伤口护理不当，容易受细菌、病毒等致病菌感染，出现疼痛、红肿甚至发热等不适症状。

如果患者腰部疼痛严重，建议患者应及时去医院创伤骨科就诊，同时术后待病情稳定后积极进行功能锻炼，以免延误病情。