全身型幼年特发性关节炎患者，约1/3患者可治愈、1/3患者可能反复复发、1/3患者病情可逐渐加重且治疗结果及预后较差。其他类型幼年特发性关节炎，多数患者可达临床缓解状态。

个别类风湿因子阴性多关节型或少关节型，可能经过3-5年时间治愈。部分患者病情反复复发，或疾病进展延续至成人阶段，不能停用药物治疗。因此，规范化治疗可延缓关节受损和关节畸形发生，可极大程度提高儿童生活质量。