生殖道HPV感染应与扁平湿疣、假性湿疣、生殖器癌等进行鉴别诊断，具体情况如下:

1、扁平湿疣：是二期梅毒的一种表现，为扁平而湿润的褐色或淡褐色丘疹，表面光滑，成簇分布或融合成斑块，可见溃疡。用暗视野显微镜可在损害组织内找到梅毒螺旋体，梅毒血清反应呈强阳性。

2、假性湿疣：在双侧小阴唇黏膜面见对称性绒毛样指状突起或鱼卵状呈淡红色或黏膜色小丘疹，无自觉症状；或因其他疾病检查时才得以发现。无性乱史，HPV、DNA原位杂交检查阴性，无传染性。

3、生殖器癌：无论是外阴、阴道或宫颈部位的CA都要与对应部位之癌相鉴别，光靠肉眼观察有时不易区别，应取活检做病理组织学检查，以得出正常诊断。

参考资料：[1]曹泽毅.中华妇产科学 （中册）.第3版[M].北京.人民卫生出版社.2014.