腺病毒性结膜炎应与急性出血性结膜炎、单纯疱疹病毒引起的结膜炎、全身病毒感染引起的结膜炎等相鉴别。

1、急性出血性结膜炎：典型发生在热带地区，常由肠道病毒及柯萨奇病毒引起，起病急，1-2周内缓解，结膜出血是其典型特征。

2、单纯疱疹病毒引起的结膜炎：单纯疱疹病毒可引起滤泡性结膜炎，尤有其是首次感染，常表现为单眼受累，并合并皮肤小疱。

3、全身病毒感染引起的结膜炎：如常见于儿童期的全身病毒感染如水痘、麻疹、流行性腮腺炎等，均可伴随滤泡性结膜炎。水痘-带状疱疹病毒引起的结膜炎是眼部带状疱疹的部分表现，也发现过艾滋病引起的结膜炎的病例。

参考资料：[1]Jack J Kanski,Brad Bowling.Kanski临床眼科学.第7版[M].北京.北京大学医学出版社.2015.