在肾脓肿和肾周脓肿中，最常见的病原菌是大肠埃希菌、变形杆菌、克雷伯菌等。

1、大肠埃希菌：需氧的大肠埃希菌常见于结肠菌群，对泌尿道其有特殊的毒性作用，包括可增加对尿路上皮细胞的黏附作用等。

2、变形杆菌：变形杆菌具有尿素酶，可以分解尿素，为细菌增殖提供碱性和适宜的环境。变形杆菌常被发现于碱性环境中由硫酸铵镁沉淀所形成的巨大结石中，这些结石成为泌尿道逆道行感染的原发灶。

3、克雷伯菌：此外，克雷伯菌也是导致肾脓肿和肾周脓肿的常见病原菌。

参考资料：[1]Kasper Fauci，Hauser Longo，Jameson Loscalzo.哈里森内科学 消化系统疾病分册.第19版[M].北京.北京大学医学出版社.2016.