自身免疫性肝炎患者，会出现肝功能的异常，做肝脏生化学的检查的时候，会出现转氨酶的升高，甚至出现碱性磷酸酶转肽酶的升高，甚至胆红素升高。

自身免疫性肝炎患者，会出现肝病相关的自身免疫性抗体的阳性，也就是自身免疫性肝炎诊断的指标。甚至可以看到肝肾微粒体抗体的阳性，抗平滑肌抗体的阳性，抗可溶性肝抗原抗体的阳性，还有其他肝脏自身抗体的阳性。

但是关于自身免疫性肝炎的确诊的指标，需要进行肝脏组织学的检查，做肝穿，做肝脏的病理检查，可以看到显微镜下有大量的炎症细胞存在，而且有界面炎。