较少的系统性红斑狼疮患者可出现眼内严重并发症。免疫复合沉积物可见于脉络膜毛细血管、睫状体的基底膜以及球结膜。这种疾病的视网膜病变可能是由两种独立的机理所致：一种是抗磷脂抗体引起的血管栓塞，使用抗凝剂治疗可有效；另一种是免疫介导的血管炎，使用免疫抑制方法治疗最有效。这种疾病既可影响小动脉又可影响小静脉。系统性红斑狼疮时的这种栓塞性疾病的特点是有或无眼内出血的棉絮样斑点 。血管炎若很严重并可能出现血管闭塞，则常合并有中枢神经系统疾病。Jabs及其同事报道了11例视网膜血管炎患者。大多数患者（55％）的视力结局不好（20/200的视敏度或更少），而且中枢神经系统疾病的发生率较高（73％）。可出现血管阻闭性病变如视网膜中央静脉阻闭，在小动脉广泛性阻闭以及继发性缺血病变的病例中常出现新生血管形成。