精索静脉曲张术后的并发症较多，包括麻醉并发症、穿刺或经皮肤的并发症、损伤周围脏器、穿孔以及血管损伤出血等。

精索静脉曲张特有的并发症主要是精索静脉结扎后，该处的静脉回流会进行改进，而静脉回流在改进过程中情况会相对较差，因此患者会出现会阴部或下肢的胀痛。

另外，精索静脉附近有神经，在手术过程中可能损伤神经末梢，从而引起下肢的不舒服，甚至出现下肢疼痛。