胎儿室间隔缺损的发病机制目前尚不明确，常见诱因包括基因遗传，如双亲之一患有先天性心脏病，母亲在怀孕早期患有病毒感染，或孕妇在怀孕最初3个月，特别是怀孕3-8周期间，若遭遇到病毒感染，胎儿较容易发生心血管畸形。

风疹病毒为引起胎儿先天性心脏病的最主要因素，流感、流行性腮腺炎、柯萨奇病毒、疱疹病毒等均有可能诱发小儿先天性心脏病发生。

孕妇在妊娠早期，如近距离接触X射线等不利环境因素，或服用阿司匹林、四环素等药物，还有产妇高龄等因素，均是导致产生室间隔缺损的高危因素。

因此，怀孕期间应改善孕妇生活环境保持良好心情、进行健康饮食，均可以避免先天性心脏病发生。