功能性单心室指心脏具有巨大室间隔缺损，甚至无室间隔残存组织，从而导致左心室和右心室基本完全相同。

部分功能性单心室患者，可通过手术进行根治，但也有部分患者完全不可能进行根治。正常心脏左右心室不平衡，左心室呈拳头样结构，为心脏主泵，需向外射血，而右心室类似附属器官样附着在左心室外。

而功能性单心室患者，左右心室没有空间结构，如果强行进行中线分隔，可造成心室运动不协调，且无室间隔结构。室间隔为心室收缩的重要组成部分，目前不可能人工建立会收缩的室间隔结构。