目前没有任何的证据，证明先天性心脏病是遗传疾病，但在个别的家庭中，发现家族性发病病例，如临床工作中，发现有的家庭父亲患心脏病，孩子也患心脏病，如室间隔缺损，或不同类型畸形。

若患者家庭成员心脏普遍出现异常，建议进行基因检测，可能与家族的某个基因相关。多数情况下，仅为家庭偶发先天性心脏病，无法追溯其他家属患先天性心脏病病史，所以先天性心脏病一般不会遗传，但会在某些家庭偶发出现。