皮下瘘和肛瘘的区别主要包括严重程度、恢复速度，但是都建议及时到医院肛肠科就诊，请医生进行治疗。

1、严重程度：皮下瘘属于肛瘘的一种，瘘管通常较表浅，不侵犯括约肌，且内口不位于耻线处。而肛瘘是由肛周脓肿发展而来，脓肿破溃之后就称之为肛瘘，症状可能会比较严重。

2、恢复速度：皮下瘘和肛瘘的治疗原则类似，需要完全将瘘口敞开，处理好内口。皮下瘘的恢复，比肛瘘较快，因为不涉及较深内口，恢复较快，术后的疼痛、分泌物等情况较轻。

有时肉眼无法判断具体情况，需要进行肛门B超检查，如果情况较为严重，需要通过磁共振检查进行鉴别。