先天性巨结肠在新生儿期应与胎粪塞综合征、先天性肠闭锁、新生儿坏死性小肠结肠炎等鉴别。

1、胎粪塞综合征：即胎粪便秘，由于胎粪浓缩稠厚，可出现一过性低位肠梗阻症状，经灌肠排出胎粪后，即可正常排便且不再复发；

2、先天性肠闭锁：新生儿回肠或结肠闭锁表现为低位肠梗阻症状，直肠指检仅见少量灰白色胶冻样便，用盐水灌肠亦不能排便；

3、新生儿坏死性小肠结肠炎：与先天性巨结肠伴发小肠结肠炎很难鉴别，本病多为早产儿围生期多有窒息、缺氧、感染、休克的病史，且有便血。

参考资料：[1]王卫平，孙锟，常立文.儿科学.第9版[M].北京.人民卫生出版社.2018.