克罗恩病是原因不明的一组非特异性的慢性的胃肠道炎症性疾病，比较小的孩子发病可能与基因遗传有关。

一般克罗恩病是从食道到肛门，整个的消化道可能都会出现炎症性的改变，但克罗恩病是非特异性的疾病，有致病因素，如环境因素以及特定的遗传因素等多方面因素导致的失控性的炎症性的反应。

在6岁以前发病并诊断的克罗恩病，主要是由单基因遗传缺陷所致，所以克罗恩病的发病病因不是特别清楚，主要与感染有关，比如感染了特殊的细菌，或者特殊的病毒。