目前对于小儿肥厚型心肌病的治疗，主要是心功能不全的治疗，以及对其他心肌病、心力衰竭常规的抗心律治疗。

心功能不全的治疗不同的是合并流出道梗阻的患儿，在应用强心药物和强效利尿剂时，可能会加重流出道梗阻。因此，如果要用强心药物和强效利尿剂，一定要在专业的心内科医生的指导和监护下进行。

另外，β受体阻滞剂在肥厚型心肌病，尤其是合并流出道梗阻的患儿，是需要积极应用的药物。对于药物治疗无效的左室流出道重度梗阻，并有明显心功能不全者，可以采取手术治疗，切除导致流出道梗阻的肥厚肌肉，或者进行酒精消融。

肥厚型心肌病是小孩心源性猝死的最主要的原因之一，可以是原发性，也可以继发于代谢性、内分泌性疾病，比如糖原累积症、高血压、糖尿病或者服用特殊药物，建议积极治疗。