肥厚型梗阻性心肌病治疗，主要依据症状及梗阻情况而定，可以在医生的指导下使用β受体阻滞剂或非二氢吡啶类药物、室间隔心肌消融术、植入ICD治疗。

1、β受体阻滞剂或非二氢吡啶类药物：如美托洛尔制剂可减慢心室率改善梗阻症状，合并哮喘或气道高反应等则不可应用β阻滞剂，但可换用非二氢吡啶类药物，例如盐酸维拉帕米片、盐酸地尔硫䓬片。

2、室间隔心肌消融术：若进行三个月规范化药物治疗后无效，可进行室间隔心肌消融术，无水酒精凝胶海绵或弹簧圈等注入给梗阻心肌供血的血管，以达到消肿心肌目的，可应用外科手术切除肥厚梗阻心肌。

3、植入ICD：如果合并猝死风险，且ICD指定明确，应在安装植入ICD基础上预防猝死。

建议患者避免应用洋地黄制剂，例如地高辛，可加重心梗，应用ACEI与ARB类药物，对该疾病有效性尚不明确，应该慎用。硝酸酯类药物，例如硝酸甘油，可扩张外周小静脉导致回心血量减少，加重梗阻，应避免使用。