自体造血干细胞移植风险较小，临床已经用于多发性骨髓瘤、恶性淋巴瘤的一线治疗。

患者化疗获得缓解后，建议进行自体造血干细胞移植，可以让更多患者获得长期缓解。

因进行了较强移植预处理，导致患者白细胞较低，所以存在感染的风险。另外应用较大剂量预处理药物后，可能会出现脏器损伤，部分患者还可出现植入不良。若给患者输入足够的造血干细胞，多数植入通常并无异常。