卵巢囊肿是否可以做试管婴儿需要根据囊肿的性质和大小来决定，卵巢囊肿可以分为生理性囊肿和病理性囊肿，大多数情况下生理性囊肿是可以做试管婴儿的。

1、生理性囊肿：一般小于5cm，并且随着体内激素水平的变化，可逐渐消失。当囊肿小于3cm或囊肿消失的情况下，可做试管婴儿。但如果囊肿大于5cm，即使是生理性囊肿，也应先进行囊肿的治疗，否则可能在试管过程中，造成囊肿的破裂，还有可能引起流产；

2、病理性囊肿：一般可能是出现了畸胎瘤、卵巢巧克力囊肿等疾病，在进行试管前需要先治疗疾病。如果延迟治疗或放任不管，则可能出现囊肿破裂、蒂扭转、感染等继发病变，不仅影响怀孕，还可能影响患者的健康。

做试管婴儿最好是在身体健康的情况下，女性患者的年龄最好不超过35岁，不仅成功率较高，婴儿也会较健康。如果卵巢囊肿的患者进行了试管，在孕期应定期的复查，密切关注囊肿的情况。如果出现异常应及时就医，积极配合医生治疗。