巧克力囊肿打针会出现以下副作用，可以分为月经量减少、停经、神经功能紊乱不适的症状。

1、月经量减少：月经量明显减少是因为这种药物会对抗体内的雌激素，使子宫内膜出现变薄，所以月经量会逐渐减少。

2、停经：出现停经主要是子宫内膜薄到一定程度的时候，临床不再脱落，会出现停经的现象。

3、神经功能紊乱：出现潮热、多汗、心慌、失眠等症状，一般经过对症处理，绝大部分能够恢复到正常状态。

以上是巧克力囊肿打针所出现的副作用，建议对于巧克力囊肿，临床有一些情况需要保守治疗，比如说囊肿的直径没有大于4cm，可以定期的给予复查。如果是囊肿的直径已经大于4cm，建议可以手术进行治疗。通过手术治疗以后切除局部的囊肿，在术后还要后续的治疗，可以肌肉注射盐酸曲普瑞林，达到预防复发的可能性。