临床偏头痛的原因较多，可为功能性，如神经性头疼，也可为器质性，如颅内占位病变，可进行CT检查，也可进行磁共振检查。

一般建议有必要进行辅助检查，CT价格低廉、操作较方便、检查较快，可先行CT检查排除颅内器质性病变，如颅内占位等。

但CT检查存在放射线辐射，磁共振软组织分辨率更佳，尤其在中枢神经系统检查中有较大优势，可全方位在三个层面进行成像，亦可更清楚地显示CT无法显示的颅内病变。如小缺血灶、小脑、脑干病变等。

磁共振与CT相比，检查时间相对较长，对患者配合要求较高，价格亦相对较高，但其无辐射。某些病变甚至需同时行CT和磁共振检查，此两种检查可相互补充，不可相互替代。此外可做血管成像、脑功能成像等，可提供更多信息。