儿童胆总管囊肿相对为较严重疾病，在小儿外科中属于大病。儿童胆总管囊肿可能会出现远端梗阻，进而发生近端囊肿扩张，当压力达到一定程度之后会导致胆道破裂，胆汁进入腹腔，发生胆汁性腹膜炎。

部分胆囊囊肿患儿会出现胰胆管异常，在反复刺激后可能造成胰腺问题、胆道问题，甚至出现胆管炎，且反复胆管炎对患儿创伤较大。如果胆总管囊肿不处理，远期还可能出现肝内胆管扩张、结石、癌变等不良后果。

因此，胆总管囊肿一经确诊即需要尽早处理，避免出现严重并发症，造成不可挽回的损失。