小儿慢性结肠炎是一种顽固、难愈、易复发的疾病，具体治疗时间不明确，有些小儿可能需要终身治疗。

小儿慢性结肠炎会出现长期反复的腹痛、腹泻等主要表现，发病机制并不是特别清楚，可能和免疫、肠道菌群紊乱，以及感染或者基因缺陷等有关，因此治疗比较困难。

在临床上，小儿慢性结肠炎的治疗一般是使用激素治疗，或者免疫抑制剂，再有就是5-氨基水杨酸等药物进行治疗，一般需要终身治疗。

而且，小儿慢性结肠炎与情绪的变化也有关，比如升学考试特别紧张，都有可能导致疾病的复发。所以对于慢性结肠炎的小儿，需要长期服药，一般也要求长期前往消化内科随诊。