新生儿脑积水的最佳治疗时间，原则是越早越好。早期治疗可防止脑积水程度越来越重，压迫周围脑组织，导致脑组织永久性、不可逆地伤害，防止发生远期神经系统的不良预后。

新生儿脑积水常见于早产儿颅内出血后继发的脑积水，所以此时临床医生、新生儿科医生、脑外科医生，均需要密切监测新生儿脑室的大小，选择合适的时机，进行合适的处理手段。

连续的腰穿放液、连续的侧脑室穿刺放液，开放暂时性脑室储液囊等方法，均为早期防止发生脑积水的治疗手段。后期再根据患儿脑室的大小、病情的情况，以及年龄，由脑外科医生，再选择最佳时间，进行永久性的脑室腹腔分流术。