小儿胆总管囊肿手术成功率无确切统计，但绝大多数恢复均比较顺利，预后比较好，不用过于担心。

先天性胆总管囊肿虽然为较大的手术，但是目前技术水平均能够达到要求。最早为开腹胆总管囊肿根治，故可能出现创面渗血、吻合口瘘等情况。

现在主要行腹腔镜下胆总管囊肿根治术，故并发症未增加，相对恢复也比较顺利。仅个别患者可能出现剥离囊肿创面之后渗血，或者胆肠吻合口瘘情况，通常可考虑进行引流。

因为瘘比较小，大部分患者均可以慢慢自行愈合，如果瘘较大并且严重，则可考虑进行二次吻合术。