胆总管囊肿手术为普外科常用的手术方式，因胆总管内具有肝动脉、门静脉等众多血管，相对较为危险。

虽然胆总管手术相对危险，但目前手术较成熟，尤其腹腔镜手术，故胆总管囊肿根治效果较好，且腔镜下创伤较小，术后恢复也相对较快，无需太担心。

另外，若医生经验丰富，手术技术娴熟，则大部分胆总管囊肿手术不会有不良后果，且恢复也相对顺利，只有极个别可能会出现出血，但是不会影响生命。

因此胆总管囊肿手术虽有危险性，但是绝大部分手术效果较好，出现并发症的概率较小。