先天性巨结肠并发症主要有小肠结肠炎、吻合口异常、排便功能异常等，需注意术后护理，尽可能避免术后并发症的发生。

1、小肠结肠炎：通常可以出现在结肠各个节段，患者可能会出现发烧、腹泻及中毒症状；

2、吻合口异常：先天性巨结肠术后早期并发症，包括吻合口感染、裂开、吻合口瘘，以及腹膜炎；吻合口瘘出现概率较低，需要进行造瘘治疗；

3、排便功能异常：巨结肠晚期并发症为排便功能异常，如便秘、反复排便困难。

巨结肠手术之后患者还要做排便训练，解决术后吻合口瘢痕狭窄问题，养成规律排便，避免出现反复便秘。