胆总管囊肿要进行手术，因为胆总管囊肿非正常表现，有先天发育异常或者胰胆管合流异常，可导致出现近端胆总管囊状或梭形扩张。若扩张较严重，则会出现胆道破裂，引起胆汁性腹膜炎。

当出现囊肿之后，还有可能发生胆栓，引起远端胆道梗阻，胆汁不能排到肠道里，出现陶土样大便，此时建议尽早手术。如果胆总管囊肿不解决，最后很可能会导致肝脏功能损伤，出现肝内胆管扩张，甚至发生胰腺炎症、癌变。

因此，发现胆总管囊肿要尽早手术，避免造成不良后果。