小儿胆总管囊肿术后并发症，主要包括创面出血、胆肠吻合、胆瘘、肠瘘，以及粘连性肠梗阻等，远期有可能出现肝内胆管扩张、上行性胆管炎、胰腺病变、结石等。

通常进行手术后，需要密切观察患儿一般情况、生命体征，以及腹腔引流管颜色、性质、量。如果发生术后出血的情况，则引流管会有表现。在出血量较少情况下，可较快通过补充凝血因子纠正。如果出血量控制不佳，需要尽快二次手术止血。

远期并发症主要与医生操作、患儿一般情况有关，故建议术中尽可能精细操作，减少术后并发症发生。