先天性胆道闭锁术为较大的手术，通常优先进行膈肌手术，即肝门空肠Roux-en-y吻合，术后护理需要密切观察患儿一般情况，如生命体征、血压，以及腹腔引流液性质、量等。

因胆道闭锁患儿自身肝功能与凝血机制不佳，还需注意观察患儿是否出血、是否有胆瘘，通常较小胆瘘经过腹腔引流后均可解决。

因胆道闭锁患儿营养状态不佳，相对愈合能力可能较差，故亦需观察是否出现肠瘘。如果出现肠瘘，则需进行二次手术，但出现肠瘘的机会较少。

胆道闭锁虽然手术结束，但有可能出现肝脏硬化、纤维化，因此远期需要定期随访，监测其肝功能。如果出现肝功异常或肝功能严重受损，可能需要进行肝移植治疗。