先天性巨结肠手术属于四级手术，为小儿外科中相对较大的手术，手术时间可能较长，通常需要3-4小时。

巨结肠术前准备较多，包括麻醉、动脉监测，以及深静脉保证术中输液和输血，手术操作也较复杂，需要将病变肠管去除，将正常肠管前置与齿线上正常肠管吻合，术后小孩儿恢复比较顺利。

目前先天性巨结肠手术可经腔镜操作，创伤相比开腹小。通常手术相对创伤较大，术后需要进行静脉营养、液体输入、止血等护理。