肛周窦道引起的感染一般来自肛周皮肤上的寄生菌、金黄色葡萄球菌以及链球菌等。而肛瘘引起的感染则多由肠道寄生菌、大肠杆菌和厌氧杆菌等菌株所致。二者的治疗方式有所不同。

1、治疗肛周窦道感染的方法是在感染的间隙期内完整地切除窦道。肛瘘由肛周皮肤上的外口、肛门内的肛窦腺内口，以及两者之间沿线管道和瘘管组成。

2、治疗肛瘘需要通过手术进行，肛瘘的手术方式包括肛瘘切除术、肛瘘切开术以及对于高位肛瘘还需要进行挂线术，以保护肛门括约肌。

相比之下，肛周窦道的手术相对来说较为简单，且复发率较低，而肛瘘手术则相对困难一些，并且有一定的复发率。