炎性肠病性关节炎主要的鉴别诊断包括伴有腹泻的疾病及关节病变为突出表现的疾病，具体如下：

一、伴有腹泻的疾病：

1、急性胃肠炎：往往有诱因，有季节性，发病呈急性，恶心、呕吐更为突出，腹泻继之出现，多呈水样，抗生素治疗有效。病程短而多，无关节症状，有助于与溃疡性结肠炎和克罗恩病的表现相鉴别；

2、细菌性痢疾：多夏季出现，突出的腹痛腹泻、脓血便、大便可培养出致病菌，抗生素治疗有效，病程较短均有助于鉴别，但应警惕继痢疾后出现的反应性关节炎。

二、关节病变为突出表现的疾病：

1、强直性脊柱炎：部分患者可有肠道表现，如间断腹痛、腹泻，多较轻微，这类患者易被怀疑为肠病性关节炎，但纤维肠镜检查肠道多为较轻的非特异性炎症改变，最有助于鉴别。

2、反应性关节炎：多有前驱感染史，出现以下肢为主的关节炎80%患者HLAB27阳性，部分患者可以出现骶髂关节炎。在关节炎表现突出时，肠道、泌尿道症状多已消失，这些特点均有助于溃疡性结肠炎和克罗恩病相鉴别；

3、贝赫切特病：多有突出的口腔溃疡、外阴溃疡并伴有葡萄膜炎、针刺脓疱疹、关节痛(炎)静脉炎等表现。贝赫切特病患者以消化道表现为突出症状，如腹痛、腹泻、血便，而有无肯定的针刺反应时难以鉴别，因溃疡性结肠炎和克罗恩病同样会出现与贝赫切特病一样的口腔溃疡、外阴溃疡、葡萄膜炎，但贝赫切特病的口腔溃疡和外阴溃疡疼痛剧烈，而溃疡性结肠炎和克罗恩病的溃疡疼痛较轻。最重要的区别是肠镜下的改变和病理的不同，贝赫切特病的本质是血管炎，溃疡性结肠炎表现为黏膜广泛的炎症，而克罗恩病是肉芽肿性改变。

参考资料：[1]田伟.实用骨科学.第2版[M].北京.人民卫生出版社.2016.