多囊卵巢即多囊卵巢综合征，巧克力囊肿和多囊卵巢综合征都比较严重，并不能进行比较，还应及时明确原因，分别进行治疗。

1、巧克力囊肿：无论患者选择哪种治疗方法，都有可能会复发，会导致痛经出现进行性加重，并且会出现不孕不育、盆腔广泛粘连，甚至影响到泌尿系统，所以比较严重。

2、多囊卵巢综合征：这种疾病一直需要用药，直到绝经为止才可以停止用药，否则会导致子宫内膜在雌激素的刺激下出现闭经的现象，也可能会导致子宫内膜会在雌激素刺激下发生癌变。

所以两种都比较严重，建议都要接受系统的治疗，需要根据不同原因选择合适的药物或及时进行手术治疗等。