呼吸道感染发烧39℃一般是不严重的。但如果发生在老年人或者是机体免疫力的人群出现了并发症，这种情况病情是严重的甚至是可以危及生命的。

当呼吸道感染发烧39℃时，需要完善血常规、C反应蛋白、降钙素原、支原体抗体、衣原体抗体、病毒的核酸抗原等相关检查，同时如果发生在老年人身上，要完善血压、心率、呼吸频率、肝功能、肾功能、心肌酶、血气分析等相关检查。

评估病情的严重程度确诊致病微生物后，要根据致病微生物给予相应的治疗，例如抗感染、抗病毒和抗非典型致病菌的治疗，如果出现了并发症或者是其他的异常要给予针对性的治疗。