巧克力囊肿一般不能自愈，因为与卵巢功能有一定关系，如果是绝经的女性，巧克力囊肿，可能不会再长大，甚至会缩小以及消失。

巧克力囊肿在绝经后持续存在，甚至长大，要考虑会不会有恶变的可能，比如透明细胞癌。如果是育龄女性，一般不会消失，因为卵巢功能还在，卵巢定期的激素的波动，巧克力囊肿也会产生相应的变化，所以巧克力囊肿一般不能自愈。

在育龄期女性，根据囊肿的大小以及生育要求，选择手术或者是药物的保守治疗。对于绝经的女性，也是根据囊肿的大小，然后进行医学影像学的检查以及肿瘤标记物的化验，来判断是否是恶性，并采取对应的治疗措施。