上海市肺科医院内镜中心，是专科医院内镜介入中心，上海市肺科医院内镜中心技术全面，特色鲜明，是全国领先的介入呼吸病诊治中心。上海市肺科医院内镜中心目前拥有规模最大的内镜操作室7间，最新的奥林巴斯内镜操作系统6台，拥有各类支气管镜三十余根，以及电磁导航仪，冷冻治疗仪，高频电氩气刀工作站，球囊扩张仪等各类介入设备。

目前开展各项内镜介入手术，包括常规支气管镜检查、内科胸腔镜检查、超声支气管镜检查、外周超声支气管镜检查、虚拟支气管镜技术、电磁导航支气管技术、支气管结核介入治疗、中央型肺癌姑息介入治疗、良恶性气道狭窄的治疗等。每年完成各项检查例数共16000余例，其中超声支气管镜1500余例，具有全国领先水平。