沈阳市第五人民医院内镜诊疗中心，分为门诊及病房。现有医生9名，护士20名，承担全院胃肠镜，气管镜，膀胱镜，喉镜等内镜诊察及镜下治疗工作。目前有5台消化内窥镜设备，1台呼吸内窥镜设备，1台泌尿内窥镜设备，病房35张病床。

目前内镜中心以镜下治疗为主，已开展高难度四级手术如ESD,POME,EPMR,ERCP, STER,ERAT,NOTES,保胆取石，保胆切息肉，PEG-J，内镜下痔疮治疗，内镜下宫颈息肉切除术，内镜下射频消融术及早癌诊治等高精尖镜下治疗项目，处于省内前沿，比肩国内顶级医院。强大的急诊急救能力，为沈阳市民提供了最安全的保障。

以内镜诊疗中心为依托成立的微生态治疗中心，采用国内领先的菌群移植技术，对炎症性肠病（溃疡性结肠炎 克罗恩病等）、顽固性便秘，腹泻，肿瘤，抑郁症，儿童自闭症，糖尿病，肝炎等多种疑难疾病都有较好的治疗效果。与中国优生优育委员会协作成立儿童自闭症菌群治疗计划。内镜中心已开展延迟诊疗，24小时开诊，已经开展内镜下止血、ICU患者取痰栓、吻合口漏缝合、胃管置入、胃癌患者营养管置入等诊疗，为临床科室和患者解决各种疑难问题！