上海市(复旦大学附属)公共卫生临床中心消化内科承担的诊治疾病任务涉及食管炎、食管狭窄、食管溃疡、慢性胃炎、十二指肠炎、胃溃疡、十二指肠溃疡、慢性肝炎、脂肪肝、中毒或药物性肝炎、肝纤维化、肝硬化、胆囊炎、胰腺炎、溃疡性结肠炎、Crohn病、肠结核、各种类型腹水、上消化道出血、下消化道出血、肝病性胸水、结核性腹膜炎、便秘、慢性腹泻和消化道肿瘤等。

内镜中心常规开展急诊内镜下止血，消化道息肉、黏膜早癌病变的ESD和EMR治疗术，内镜下逆行胰胆管造影（ERCP），氩气刀治疗术（APC），消化道狭窄球囊扩张术，肠梗阻支架置入术，食管胃底静脉曲张内镜下治疗（曲张静脉套扎和硬化剂注射治疗等），消化道瘘金属夹夹闭治疗，空肠营养管及肠梗阻导管置入术等内镜诊疗。内镜中心擅长胃肠道疾病的精准诊断、消化道早癌筛查、门脉高压性胃病、食管胃底曲张静脉治疗和消化道出血内镜下治疗等。

科室为上海市住院医生规范化培训基地，长期担任本科生和留学生的教学任务以及全国各地的传染病进修生的培训，先后承担国家“十二五”、“十三五”以及市局级课题13项。