上海市（复旦大学附属）公共卫生中心眼科是以眼科常见病、多发病的诊治为基础，以感染性相关眼病的临床诊治和研究为学科特色。当前诊疗范围涵盖眼睑、结膜、角膜、晶状体、葡萄膜、眼眶、神经眼科疾病等。尤其对感染性眼病临床诊治经验丰富，如结核、梅毒、真菌及各种病毒的眼部感染等。开展白内障超声乳化术、人工晶体植入术、玻璃体切割术、视网膜脱离复位术、视网膜激光光凝术、YAG激光治疗眼前段疾病、眼睑肿物切除术、结膜肿物切除术等各级手术。

目前科室配备有HAAG-STREIT裂隙灯、TOPCON眼底照相/荧光造影机、眼前段数码照相裂隙灯、CANON非接触眼压仪、TOPCON非接触眼压仪、CANON电脑验光/角膜曲率仪、电脑视野检测仪、眼科电生理检测仪、IOLMASTER光学测量仪、光学相干断层扫描仪及眼底镜等检查设备。有玻璃体超乳一体机、眼科冷冻治疗仪、532眼底激光治疗仪、YAG激光治疗仪等治疗设备。

在科研方面，科室主持巨细胞病毒病原学检测2项，主持艾滋病相关疾病的课题研究3项，参与国家十一五重大科技攻关项目专项课题1项，参与美国NIH项目合作1项。发表中文核心期刊论文22篇，SCI4篇。参编专著4部。