中山大学孙逸仙纪念医院儿科，成立于1953年，2003年获批准为广东省重点专科，是广东省首批的儿科硕士点和博士点单位。该科为综合性儿科，下设小儿血液、小儿神经、小儿心脏、小儿呼吸、小儿泌尿、新生儿、小儿内分泌等专业。现有教授3人，副教授/副主任医师12人，主治医师17人，其中博士导师3人，硕士导师8人。
儿科病房拥有床位72张，设综合区、血液区、新生儿区、危重病监护室、新生儿重症监护室及造血干细胞移植病区。实验室部分包括儿科血液室和中山大学岭南脐血库等。
小儿血液专科是儿科的重点，对地中海贫血、小儿白血病、再生障碍性贫血和血小板减少性紫癜等的临床诊治处于国内先进水平。1989年率先在国内开展脐血造血干细胞移植特性的研究，1998年在国内首次采用同胞脐带血移植治疗重型β地中海贫血并获成功，2002年世界首例非血缘相关脐血移植治疗重型β地中海贫血成功。
至2006年8月共完成造血干细胞移植治疗地中海贫血、白血病、淋巴瘤、神经母细胞瘤、系统性红斑狼疮等疾病94例，其中治疗地中海贫血已达国际先进水平，治疗白血病达国内先进水平。
急性淋巴细胞性白血病化疗5年治愈率为83.5%，达国际先进水平。新生儿专业配有先进的治疗抢救仪器设备，具有熟练的诊疗操作技术，对危重疾病的抢救成功率高，早产儿、超低出生体重儿的抢救成功率达到国内先进水平。神经专业对小儿癫痫、多动症、多发性抽动、脑瘫、中枢神经系统感染及小儿智能落后等进行了深入的研究。心血管疾病、小儿哮喘疾病、难治性肾病、小儿内分泌疾病等的研究均取得了很大的成绩。
小儿呼吸科
呼吸专科现有专业技术人员5人，其中高级职称3人，中级职称1人，初级职称1人。专科自1985年设置以来，一直致力于小儿呼吸系统疾病的防治工作，尤其对儿童哮喘、慢性咳嗽、反复呼吸道感染、喘息性支气管炎、难治性肺炎，以及肺含铁血黄素沉着征等疾病进行了广泛深入的研究，并取得了显著成绩，先后获得广东省卫生厅、省科技厅、中华医学会科研基金等资助，近年来先后在国家、省级医学杂志发表论文40余篇。
专科在国内率先采用吸入皮质激素治疗肺含铁血黄素沉着征，副作用小，疗效显著。能对儿童呼吸道感染性疾病快速作出病原学诊断，避免了不必要的抗生素使用。对儿童哮喘的防治一直走在全省的前列，设有哮喘专科出诊，采用免疫调节治疗儿童哮喘的研究获得学校科技成果奖。
小儿神经科
儿科神经专科是在广州地区开设最早、在华南地区具有一定影响的专科之一。专科现已开展神经电生理检查、神经影像学检查、智力测定、注意力测定、心理测定、运动评估，可为儿童神经、心理、精神患者提供药物治疗、心理咨询，为特殊儿童提供运动康复、心理康复、语言康复。
专科在小儿癫痫、脑瘫、多动症、多发性抽动、多发性硬化的诊断和治疗方面积累了丰富的临床经验；自1996年在国内率先开展大剂量丙球治疗多发性硬化的临床研究，现已取得肯定的经验和良好的效果；利用先进的MR技术对脑病进行病理分型，并结合流式细胞仪技术对脑病进行免疫分型，进而采取不同治疗方案，大大提高了脑炎、脑瘫等治疗疗效。依托该科血液专科雄厚的技术力量开展了骨髓移植治疗进行性肌营养不良的临床研究，为治疗这一不治之症展现了希望。
院新生儿专科
新生儿专科建于1985年，在病房有新生儿室。光疗室及重症监护室，在出诊有新生儿专科出诊。目前有新生儿专科医师6人，其中副主任医师2人，主治医师4人。新生儿病房配有先进的治疗抢救仪器设备，人员具有熟练的诊疗操作技术如换血术、光疗管理、早产儿管理、呼吸机管理、胃肠道外营养等，对危重疾病的抢救成功率高，早产儿、极低出生体重儿的存活率明显提高，诊疗技术达国内先进水平。
小儿心血管科
儿科心血管专业始建于六十年代，开设心脏专科出诊、心血管病房、儿科心电图室和心脏电生理室，每年定期举办一个月的小儿心电图学习班，开展了安装小儿心脏起搏器等工作。
儿科心脏专科现有副教授1位，主治医师3位，承担着儿童心血管疾病的诊断、治疗和研究工作。在先天性心脏病方面，开展左、右心导管检查，实施经皮肺动脉瓣球囊成形术、先天性心脏病动脉导管未闭封堵术、房间隔缺损及室间隔缺损封堵术。在后天获得性心脏病，如心肌炎、心肌病、心包炎、心内膜炎、心律失常、风湿性心脏病、川崎病、心功能不全的诊治等方面都紧跟国外前沿发展，并形成了有自己特色的行之有效的工作规程。
小儿内分泌科
小儿内分泌专科是广东省为数不多的专出诊治儿童内分泌疾病的出诊之一。以诊治儿童矮小症，性早熟，青春发育迟缓，儿童肥胖症，甲亢，先天性甲低，儿童糖尿病，肾上腺疾病，先天性遗传及代谢性疾病为主。对上述疾病诊断准确、治疗规范化。有多年出诊经验、齐全的专科检查项目和先进的医疗设备。
现开展的诊疗项目有：生长激素、性腺轴激素、甲状腺素等内分泌激素测定；诊断内分泌疾病的各种兴奋、抑制实验；测骨龄及预测身高；性早熟及性发育异常（如男孩阴茎短小、隐匿阴茎）诊断和治疗；肥胖儿童诊断、治疗；诊治其他内分泌疾病如甲状腺及肾上腺疾病等。主诊梁立阳医师，为广东省首批两名小儿内分泌专业博士之一。专攻儿童内分泌及遗传代谢性疾病的基础研究和临床工作，积累了丰富的经验，在诊疗方面具有独到之处。
小儿肾病专科
儿科肾病专科现有副主任医师1人，主治医师3名，该专业组人员对小儿各种泌尿系统疾病如肾病综合征、急慢性肾炎、狼疮性肾炎、紫癜性肾炎、泌尿系统感染、血尿、遗尿症等都有丰富的的诊治经验，可熟练进行肾活检术。