吉林大学中日联谊医院眼科的前身是白求恩医科大学第三临床医学院眼科，创立于1983年，是我国一流的眼科学临床和研究中心，我国许多眼科学界专业的老前辈，如张瑞雪教授、徐锦春教授都曾在这里执教和工作过。在众多前辈一代又一代的辛勤耕耘下，逐渐发展、壮大，成为吉林省眼科医疗、教学、科研的重点学科。现任周鸿雁主任是中国医师协会眼病理学组委员。
全科现有教授、主任医师3人、副教授、副主任医师7人、主治医师、讲师6人，其中博士研究生导师1人，硕士研究生导师7人，博士10人，硕士2人，主管技师2人，副主任护师1人，主管护师3人，护师3人。
眼科病区现有编制床位增加至38张，开放床位增加至55张，设置有普通病房和特需病房，以满足不同层次的医疗需求；眼科分有白内障、眼底病、青光眼、眼表疾病、神经眼科、斜弱视等专业组。
患者可根据不同的需要选择对应眼科专家门诊、眼科普通门诊的服务，而眼科急诊则全年365天、全天24小时对患者开放，随时为患者提供医疗服务。
医疗：中日联谊医院眼科现已开展白内障超声乳化吸除、人工晶体植入术，玻璃体切割术，眼底病的激光治疗，眼球摘除联合羟基磷灰石义眼座植入、LASIK手术矫正屈光不正，泪小管断裂吻合术，复杂眼外伤手术治疗，各种类型睑内翻、睑外翻手术治疗，各种类型上睑下垂手术治疗，眼眶肿瘤手术治疗，翼状胬肉切除、角膜缘干细胞移植术，角膜移植、眼眶肿瘤、眼眶病治疗等。
在开展常见病的诊治基础上重点进行了角膜病及角膜移植的研究，率先在东三省建立了眼库，完成角膜移植达5000余例，并完成儿童角膜移植达100余例，为东北之首，省内唯一。
手术成功率及角膜移植植片透明率均达国际先进水平。在以角膜病为特色开展工作的同时，中日联谊医院眼科还在吉林省率先开展了多项新技术、新疗法。在泪道疾病诊治及泪小管断裂吻合方面独树一帜，上世纪80年代开展了泪道探通加药物治疗、泪道穿线术、泪道义管插入术、泪道激光及插管术。
此外，中日联谊医院眼科还在吉林省率先开展了“穿透性角膜移植与小梁切除联合术”、“双眼同供体同时行穿透性角膜移植与白内障囊外摘除联合手术”、“穿透性角膜移植与白内障摘除及后房型人工晶体植入同期联合手术”，近2年来开展了带球结膜、角膜缘干细胞、全角膜板层移植、眼表重建术。
开展的“眶外壁切开治疗眶内肿瘤”获白求恩医科大学医疗成果三等奖。对于甲亢突眼的治疗率先采用眶内注药方式，可明确改善眼睑退缩、眼球突出及视野缺损等临床体征，取得了显著疗效，为吉林省神经眼科疾病的发展提供了助力。
眼科已成为目前省内在眼科科研及临床方面开展项目最全面的学科。先进的检查、治疗仪器为眼科新技术的开展奠定了基础，科室现拥有最先进的玻切仪、超声乳化仪、光学相干断层扫描仪、角膜地形图、准分子激光、眼科AB超、视野机、同视机、电脑验光仪、半导体倍频眼底激光系统、共焦激光断层扫描仪、视觉电生理检测仪、全景超声生物显微镜、干眼熏蒸治疗仪、蔡氏手术显微镜等，
教学：科室多年来承担本科生、研究生教学任务，其中博士研究生导师1人，硕士研究生导师7人，承担临床医学本五年制、七年制、八年制眼科学教学工作，已毕业硕士研究生183人，目前在读硕士研究生4人，自2011年起完成规范化培训8人，为社会培养了大批眼科人才。
科研：眼科注重科研工作，以保持技术领先的地位，使科室的后劲增强，对角膜疾病的基础研究及治疗的探索有了一定的深度，大量就此系列的研究论文在各级眼科杂志发表。
我学科已对角膜移植及其排斥反应进行了16年的系列研究，改良的角膜保存液及角膜保存方法的研究达国内先进水平，于国内外首次局部应用环孢霉素A点眼液治疗角膜移植排斥反应及相关眼病获得成功。
在角膜移植的组织配型和角膜细胞培养方面取得较大进步，有关角膜溃疡发病机理及治疗药物开发的研究达国际先进水平，同时，还进行了一系列免疫因子与角膜移植的关系、免疫病理和角膜移植关系的研究，为角膜病和角膜移植的深入研究奠定了临床基础。
发表文章100余篇，其中被SCI收录51篇，获得国家自然科学基金支持。所承担的课题曾多次被列入吉林省科技发展计划项目：
（1）辐射抑制角膜新生血管的作用与机制
（2）放射性核素泪道敷贴器的研制及其临床应用研究
（3）组织工程再建人角膜
（4）角膜移植术后眼表细胞象变化的研究
（5）绿脓杆菌性角膜炎角膜损伤破坏机制研究
（6）放射性核素泪道敷贴器的研制
此外，准分子激光上皮瓣下角膜磨镶术治疗近视眼曾被列入长春市科委发展计划项目；辐射抑制角膜新生血管的临床应用获得了吴阶平医学基金会临床科研专项基金资助。
眼科与国内外著名的眼科中心建立了密切的协作关系，并聘请了世界著名的角膜病专家、日本山口大学西田辉夫教授为眼科客座教授，并邀请国内数位知名专家定期前来本院讲学、会诊。
使患者可以足不出户，享受国内外眼科顶尖技术的专家诊治，极大方便了患者。同时，使医院眼科的技术水平不断向国际先进水平靠拢。