湖南省儿童医院药学部目前设有门诊药房、急诊药房、中心药房、中药房、临床药学咨询室、临床药学研究室、遗传药理学研究室、国家临床药物试验机构、静脉药物配置中心、急诊药物配置室、西药库、中药库、大输液库、西药制剂室、中药制剂室、药检室、制剂成品库、科办公室等18个部门。有药学专业人员71人，其中副主任药师11人，主管药师13人。获得硕士学位者7人。

药学部现拥有临床药师7名，临床药学研究室拥有高效液相色谱、质谱等仪器设备。开展的儿童血药浓度监测项目，具有湖南省领先水平，2011年开展4000例，共14种药物及氨基酸的浓度检测工作，为治疗药物监测及个体化药物治疗打下了坚实的基础。

面积约800平方的静脉药物配置中心拥有3台药品智能存储柜，4台智能针剂调配机及21个超净工作台，为全国目前规模最大最先进的静脉药物配置中心之一。

临床药学咨询室担任医院临床药学督查工作，2011年获得了长沙市药监局颁发的药物不良反应监测工作先进单位。

制剂室研发了11种特色中药制剂，广泛应用于临床各种小儿疾病的治疗，并获得患者的一致赞誉，并同时生产18种西药制剂，2011年共生产中药制剂约430万元产值。

药学部至今在国内外发表学术论文150余篇，其中SCI论文1篇。药学部学术带头人—现任药学部主任何周康，主持了湖南省卫生厅科研课题1项，湖南省发改委科研课题1项。

作为湖南省药学会医院药学专业委员会秘书单位为全省临床用药管理及推动儿科临床合理用药起到了重要的作用。并被评为2008-2012年度湖南省药学会先进单位的光荣称号。